El licenciado Manuel Baca Godoy catedrático de la Universidad Nacional Autónoma de México en la Facultad de Derecho cuenta con una experiencia comprobable que data en la materia Penal desde 1982 a la actualidad.
El licenciado Manuel Baca Godoy inicia a dar cátedra con el asesoramiento profesional y académico del Licenciado José Hernández (Q.P.D.) en ese momento decano de la materia de Derecho Procesal Penal
Sumándose a su experiencia que ha dado cátedra en la Universidad Nacional Autónoma de México en la Facultad de derecho en las siguientes materias:
Clínica del Delito Privado, Teoría General del Proceso, Teoría de la Ley Penal y del Delito, Derecho Procesal Penal y Práctica forense de derecho Privado ahora Práctica Forense de Derecho Civil, además cuenta con un curso de especialización que imparte la Suprema Corte de Justicia de la Nación a través del instituto de especialización de la propia institución.
En la fecha del 6 de abril de 1999 soluciona su primer caso de delincuencia organizada, tomando en cuenta que la ley que regula este tipo de delitos entró en vigor en 1996, con base en el primer asunto y tener contacto con esta ley se hace un estudio analítico y teleológico de la misma, para después tener contacto con los delitos que regula esta ley estableciéndose teoría del caso y una estrategia probatoria para cada caso en particular, a través del primer resultado positivo que se dio, comenzó a ser contratado a través del tiempo.
El 7 de junio de 2012 el Lic. Manuel Baca Godoy ofrece una entrevista a la revista proceso sobre el tema de la "Nueva ley permitirá a testigos protegidos cambiar de identidad"
En el año 2001 ingresa en la defensa del "Ingeniero Mario Villanueva Madrid" ex gobernador del estado de Quintana Roo a quien se le ha estado asesorando en un periodo de 12 años y recientemente en una corte federal en Manhattan, New York.